El Parlamento Europeo ha señalado el año 2009 como fecha límite para que la Comisión Europea redacte las nuevas normas de juego para las ayudas públicas a los puertos europeos. La cámara de Bruselas ha adoptado una resolución que urge a la Comisión a quemar etapas en este tema, con el fin de proporcionar a los puertos la seguridad jurídica necesaria para invertir en obras de ampliación de superficie, calado, y en sistemas tecnológicos avanzados.
Todo ello sin temer distorsiones de las normas de libre competencia, o infracciones de las normas medioambientales. El Parlamento insiste que la transferencia de cargas de la carretera al short sea, y la creación de un espacio marítimo europeo sin barreras, pasan forzosamente por la reforma de las líneas directrices de las ayudas estatales a los puertos. Los diputados recomiendan incluso que las mercancías que circulen entre dos países de la Unión Europea en short sea shipping no sean objeto de controles aduaneros de ningún tipo, y proponen la creación de zonas portuarias separadas para los tráficos intracomunitarios.
El PE también señala que para aumentar la rentabilidad y eficacia de las operaciones portuarias es necesario invertir en nuevas herramientas de gestión electrónica. De hecho, Bruselas apoya que las regiones europeas puedan emplear los fondos estructurales europeos para acometer estos cambios, sobre todo en los que se refiere a la compra de tecnologías y la creación de empleo en los sectores de innovación.